V geomorfologickom celku Cerová vrchovina sa nachádza celkom 43 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Mučínska vrchovina je to 1 jaskyňa a v podcelku Hajnáčska vrchovina je to 42 jaskýň.
Podcelok Mučínska vrchovina
Mučínska jaskyňa
Podcelok Hajnáčska vrchovina
Amfiteátrová jaskyňa (Jaskyňa v Malom Kamennom mori I.)
Belinská jaskyňa
Blšia jaskyňa
Črepová jaskyňa (P-23)
Dolná jaskyňa v Zabode
Dolná kamenná jaskyňa (Dolná krajná jaskyňa, Dolná suťová jaskyňa, P-14)
Dvojvchodová rozsadlina (P-20)
Ebeczkého jaskyňa (Jaskyňa na Ragáči)
Horná jaskyňa v Zabode
Horná kamenná jaskyňa (Horná krajná jaskyňa, Suťová II, P-15)
Horná sutinová jaskyňa (Južná sutinová II, P-25)
Hviezdicová jaskyňa (P-16)
Jaskyňa kanelovaných črepov
Jaskyňa na brale (P-19)
Jaskyňa nad skalným oknom (SKalná trhlina II., Jaskyňa na Pohanskom vrchu 3)
Jaskyňa pod skalným stĺpom
Jaskyňa pri Čertovej hlave (Jaskyňa na Pohanskom vrchu 2)
Jaskyňa pri previse (Jaskyňa pri stĺpe, P-26)
Jaskyňa pri Železnej bráne (Jaskyňa v Malom Kamennom mori II., č.21)
Jaskyňa v Belinskej rozsadline
Jaskyňa v Belinskej sutine
Jaskyňa v Kamennom mori (Jaskyňa v Kamennom mori II., č.18)
Jazvečia jaskyňa (P-30)
Kamenná platňa (Jaskyňa v Kamennom mori I., č.17)
Komín na Ragáči
Kunia jaskyňa (P-27)
Labyrintová jaskyňa (Jaskyňa na Pohanskom vrchu, č.6 a 7)
Ľadová trhlina (Veľká trhlina, Jaskyňa na Pohanskom vrchu, č.4)
Malá severná jaskyňa (Severná rozsadlina I., P-21)
Malá východná jaskyňa (Východná zosuvová jaskyňa, P-29)
Múrová jaskyňa (P-28)
Nová sutinová jaskyňa
Nyáryho jaskyňa (Jaskyňa nad kamenným morom, Jaskyňa na Pohanskom vrchu 1)
Obručianska rozsadlina
Severná priepasť (Severná rozsadlina II, P-22)
Skalná trhlina (Skalná trhlina I)
Skautská jaskyňa (P-13)
Spodná sutinová jaskyňa (Južná sutinová, P-24)
Stĺpová jaskyňa (P-18)
Studňa na Ragáči (Priepasť na Ragáči)
Šurický úkryt (P-17)
Západná sutinová jaskyňa (P-12)