V geomorfologickom celku Malé Karpaty sa nachádza celkom 324 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Devínske Karpaty je to 22 jaskýň (v časti Devínska Kobyla 21 a v časti Bratislavské predhorie 1 jaskyňa), v podcelku Pezinské Karpaty je to 215 jaskýň (v časti Homoľské Karpaty 61, v časti Biele hory 101, v časti Smolenická vrchovina 39 a v časti Plavecké predhorie 14 jaskýň), v podcelku Brezovské Karpaty je to 53 jaskýň a v podcelku Čachtické Karpaty, v časti Nedze je to 34 jaskýň.
Podcelok Devínske Karpaty
Časť Devínska Kobyla
Abrázna jaskyňa
Brána pod Panenskou baštou
Jaskyňa Bielej skaly
Jaskyňa pod citadelou (Abrázna puklina pod citadelou)
Jaskyňa pri amfiteátri (Malá jaskyňa pri amfiteátri)
Jaskyňa v Štokeravskej vápenke (Šumienka)
Kremencová jaskyňa 1
Kremencová jaskyňa 2
Kremencová jaskyňa 3
Kremencová jaskyňa 4
Kremencová jaskyňa 5
Múrová jaskyňa
Neznáma jaskyňa
Nová jaskyňa
Pieskovcová jaskyňa
Previsová jaskyňa
Puklinová tunelová jaskyňa (Tunelová jaskyňa)
Severná jaskyňa
Skalná brána
Vtáčia jaskyňa I
Vtáčia jaskyňa II
Časť Bratislavské predhorie
Medzivrstvová jaskyňa (Zlepencová)
Podcelok Pezinské Karpaty
Časť Homoľské Karpaty
Ananásová jaskyňa
Borinský jaskynný systém
Cajla (Jaskyňa v lome, Tibra)
Cajla 2
Dolná skala
Eksplo (Prieskum)
Erem
Gitara
Hadia jaskyňa
Jaskyňa na Podrajde
Jaskyňa nad Gitarou
Jaskyňa pod Holým vrchom
Jaskyňa pri parkovisku
Jaskyňa P-5 (Ponor pod Dujničom)
Jaskyňa RP (Červený bod)
Jaskyňa storočného lístia
Jaskyňa strateného syna
Jaskyňa svätého prijímania
Jaskyňa troch vchodov
Jaskyňa v závrte (Braňova jaskyňa)
Jaskyňa za lomom
Jaskyňa 60.výročia
Korenárka
Lajova puklina
Limbašská vyvieračka
Líščia jaskyňa (Novoobjavená, Súkromná jaskyňa)
Malá jaskyňa v lome (Tank)
Medené Hámre
Nezákonná jaskyňa
Notre Dame-Nora
Nová garda
Nový ponor
Odpadková jaskyňa
Okno
Pec (Jaskyňa pri ceste)
Pištova diera
Prielezná jaskyňa
Puklinová jaskyňa pri Notre Dame
Puklinová jaskyňa v Cajle
Riečna jaskyňa (Jaskyňa nad Borinskou vyvieračkou)
Ružová jaskyňa
Sedmička
Silnického jaskyňa (Jaskyňa pod Dujničom, P-IV)
Sonda stratenej dcéry
Sovia jaskyňa
Staré Hájne 2
Staré Hájne 2 (Prezidentská riť)
Systém Jazvečí hrad-Viktória
Štrbina v kameňolome
Študentova diera
Trávnikova rodinná jaskyňa
Trávnikova rodinná jaskyňa 2
Trojuholník
Úkrytová jaskyňa (Jaskyňa bez názvu)
Veľké Prepadlé 1,2,3
Vetrák
Vianočný ponor
Vlčie jamy (Jaskyňa v závrte pod Okopancom, Grosventre)
Vysoká jaskyňa
Zbojnícka jaskyňa-Maštaľ Zuzka Štvordierková-Gombíková
Časť Biele hory
Bluskova jaskyňa (V-8)
Brloh 1 (S-6)
Brloh 2 (B-II., Komín, S-14)
Brloh 3 (B-III., S-7)
Červenica 1
Červenica 2
Červenica 3 (PP-14)
Červenica 4
Červenica 5
Červenica 6
Červenica 7
Deravá skala (Pálffyho jaskyňa, Dzeravá skala)
Diviačia jaskyňa
Galbove diery I (S-4)
Galbove diery II (S-13)
Hačova jaskyňa (Jaskyňa Jána Haču)
Haviareň (Hevírna)
Havranická jaskyňa (Priepasť na Havranici)
Havranická jaskyňa 2
Hlaviny (Bukovinky)
Hubekova jaskyňa (Tajomný hrad v Karpatoch)
Jaskyňa mladých (Červenica 11)
Jaskyňa na Baborskom (Jaskyňa štyroch vchodov, S-12)
Jaskyňa na Bielej skale
Jaskyňa na hrane (M-8)
Jaskyňa na Jelenci 1
Jaskyňa nad Medveďou (S-5)
Jaskyňa nad posedom (S-11)
Jaskyňa nad vyvieračkou (K-3)
Jaskyňa pod bukom
Jaskyňa pod koreňom
Jaskyňa pod Vysokou
Jaskyňa pod závrtom I (M-9)
Jaskyňa pod závrtom II (M-10)
Jaskyňa pri kríži
Jaskyňa strachu (M-6)
Jaskyňa v Havranej skale (Havranica)
Jaskyňa v Jelenci 2
Jaskyňa v Jelenci 3
Jaskyňa v Kráľovej doline 1 (K-1)
Jaskyňa v Kráľovej doline 2 (K-2)
Jaskyňa v Kráľovej doline 3 (K-3)
Jaskyňa v prielome Rohožníckeho potoka
Jaskyňa v skalnej veži
Jaskyňa v Suchej doline 1 (S-2, S-7)
Jaskyňa vo Vápennej (V-9)
Kabela (Suchá dolina II, Kabele, PP 8)
Keagenova jaskyňa (S-10)
Kožuchova jaskyňa
Kršlenica (M-12)
Kržla (K-6)
Lačniakove škáry (Lačniakove špáry)
Lačniakove škáry-spodný meander
Lipárova jaskyňa
Líščia priepasť (Suchá jaskyňa, Líščie diery)
Ľubošova jaskyňa (V-6)
Malá skala
Mastné fľaky
Medvedia jaskyňa
Medvedia jaskyňa (Suchá dolina I)
Mokrá dolina 3
Mokrá dolina 4
Muflonia jaskyňa 1 (M-7)
Muflonia jaskyňa 2 (S-8)
Neviditeľná jaskyňa (M-5)
Občasná vyvieračka v Mokrej doline (Výver)
Ofrflaná
Paseky (M-13)
Peterská priepasť (Veternícka priepasť, V-4)
Plazivka (Červenica 9)
Ponor na Mesačnej
Priepasť v sedle (Veterlínska sonda)
Priepasť 3 (V-2, Veterník 3, Veterlínska priepasť)
Prístodolská jaskyňa
Puklinová jaskyňa (S-9)
Puklinová jaskyňa v Bielej skale
Roštúnska priepasť (Veľká priepasť)
Sonda pod Malou skalou
Sonda pri Ofrflanej
Starý plášť 1 (SP-1)
Starý plášť 2
Starý plášť 3
Šípková jaskyňa (K-4)
Šmídova depresia
Tmavá skala
Večerná jaskyňa-Čárka JS
Veterník 5
Vladova priepasť (M-11)
Vysoká 1
Vysoká 2
Vysoká 3
Vysoká 4
Vysoká 5
Vysoká 6 (Náhodná jaskyňa)
Vysoká 7
Vývrat
Zarútená jaskyňa (Čertovica 10)
Zasypaná jaskyňa (Červenica 8)
Závrt na Studienkach (Veľký závrt)
Žebrákyňa
Žľabová jaskyňa (Vladova jaskyňa, V-7)
Časť Smolenická vrchovina
Babiná
Čiernodolinková jaskyňa
Diera v Zavesenej 1
Diera v Zavesenej 2
Divá diera (Dzivá diera)
Driny
Horno-parinská sonda
HS sonda
Husí stok 1
Husí stok 2
Jaskyňa na Dlhom vrchu
Jaskyňa na Krči (Jaskyňa v Komberku)
Jaskyňa nad Bezkou 1 (Jaskyňa v Horštúnskych skalách 1)
Jaskyňa nad Bezkou 2 (Jaskyňa v Horštúnskych skalách 2)
Jaskyňa nad Bezkou 3 (Jaskyňa v Horštúnskych skalách 3)
Jaskyňa nad kaplnkou v Hlboči
Jaskyňa starých Habáncov
Konská hlava
Leonardova jaskyňa (Jaskyňa svätého Leonarda)
Malá jaskyňa
Mesačná 1
Mesačná 2
Mesačná 3-Kocúrová jaskyňa
Mesačná 4
Mesačná 5
Mníchova diera 1
Mníchova diera 2
Mníchova diera 3
Orešanská sonda
Parinský previs
Priepasť Priehyba
Puklina pod orechom
Silova jaskyňa
Sová 1
Sová 2
Stará bohatá (Pec)
Vápenice
Závrt na Komberku (Strapek, Závrt č.1, Závrt na Krči)
Závrtová priepasť
Časť Plavecké predhorie
Bivaková jaskyňa (Jaskyňa č.4)
Jaskyňa na Bubne I
Jaskyňa na Bubne II
Jaskyňa pod hradom 1
Jaskyňa pod hradom 2
Jaskyňa pod hradom 3
Malá jaskyňa
Pec (Jaskyňa 3, PP-3)
Plavecká jaskyňa
Plavecká priepasť (PP-2, Jaskyňa II.)
Pohanská jaskyňa
Puklina na Pohanskej
Stenlyho jaskyňa
Výklenok pre Svätú Máriu
Podcelok Brezovské Karpaty
Bivakova jaskyňa
Brlohová diera (Kunia diera, M-8)
Dobrovodská jaskyňa (Perforovaná diera, M-9)
Hmyzia jaskyňa (M-7)
Horolezecká jaskyňa (M-6)
Hradná jaskyňa I
Hradná jaskyňa II
Jaskyňa C13 (Trinástka)
Jaskyňa C18 (Tmavý závrt, Osemnástka)
Jaskyňa L-M (Mannlicherka)
Jaskyňa na Dlhej lúke 1
Jaskyňa na Dlhej lúke 2
Jaskyňa na Šindľovej 1
Jaskyňa na Šindľovej 2
Jaskyňa pod hradom 1
Jaskyňa pod hradom 2
Jaskyňa pod hradom 3
Jaskyňa pod hradom 4
Jaskyňa pod hradom 5
Jaskyňa pod Skalou (Jaskyňa pod chtelnickým bradlom)
Jaskyňa pod Širokou (Ponor Široká)
Jaskyňa pod Vrátnom
Jaskyňa pod Výškou
Jaskyňa v Štiepanom
Jaskyňa v Trianovej (Jaskyňa v kameňolome)
Klenová
Krasová jama D46 (Ponor pri studničke, Štyridsaťšestka)
Lalkova skala (Guľatá jaskyňa)
Lažteky 1 (L-1)
Lažteky 2 (L-2, Planinka)
Lažteky 7 (L-7, Odborka)
Markov kút
Maruša
Medvedia diera (Hlaviny)
Mihálikov vŕšok
Oplentova jaskyňa (Idina jaskyňa)
Osamelá diera
Ponor v Hlbokom dole (Závrt č.1)
Ponorová jaskyňa v Chrástí
Prepadlé zvony
Priepasť na Skale (Zlom v chtenickom bradle, Komín v chtelnickom bradle)
Puklinová jaskyňa
Slnečná jaskyňa (M-10)
Slopy
Sľubová jaskyňa
Tesná jaskyňa (Vyzlečené gate)
Trstínska vodná priepasť (Vodná priepasť v Holom vrchu, Trstínska jaskyňa)
Veľká pec
Závrt C15
Závrt D45 (Horný závrt)
Závrt pod Vrátnym (Závrt D55)
Zbojnícka jaskyňa (Zbojnícka diera)
Zoluška (M-1)
Podcelok Čachtické Karpaty
Časť Nedze
Agáčiny
Čachtická jaskyňa (Jaskyňa na Belákových lúkach)
Čertova diera (Čertova pec)
Gáborova jaskyňa (Kubišove diery)
Harničiarova jaskyňa
Hladový prameň (Občasná vyvieračka – Drapľák)
Jaskyňa dvoch švagrov
Jaskyňa nad kameňolomom (Ponor Malá Kamenná, Jaskyňa pod čerešňou)
Jaskyňa nad prameňom
Jaskyňa pri ceste
Jaskyňa SS-1 (Severný stôl, severné Salašky)
Jaskyňa v Starom lome nad vápenkou 1
Jaskyňa v Starom lome nad vápenkou 2
Jesenského duby I (Kamenný závrt)
Jesenského duby II
Jesenského duby III
Komín v Starom lome nad vápenkou
Komínová jaskyňa
OMVJ (Odkiaľ Majko vyhnal jaskyniarov)
Orechová priepasť
Partizánska jaskyňa
Plazivé oko
Ponor pod závrtom
Ponor trúba
Slušná jaskyňa (Drieňová jaskyňa)
Sonda Belákovec (Svetluška)
Sonda JKKMD
Sonda Komsomolcov
Sonda pod listom
Sovia jaskyňa
Stará vyvieračka v úvoze (Paleovýver, Ponor nad Čachticami)
Sutinka (Sonda na Salaškách)
Štepnica
Závrt Megero