Územie okresu Krupina zasahuje 1 chránená krajinná oblasť. CHKO Štiavnické vrchy
Na území okresu Krupina sa nachádza 8 území európskeho významu. Domanícke stráne (SKUEV0891) Litava (SKUEV0036) Mäsiarsky bok (SKUEV0260) Medovarské dubiny (SKUEV0889) Pírovské (SKUEV0890) Skalka (SKUEV0266) Stará hora (SKUEV0259) Tlstý vrch (SKUEV0258)
Na území okresu Krupina sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia, 3 prírodné rezervácie a 4 prírodné pamiatky. Čabraď Dudinské travertíny Holý vrch Krupinské bralce Mäsiarsky bok Sixova stráň Šinkov salaš Tesárska roklina
Za chránený strom bolo vyhlásené v roku 2000. Ginko dvojlaločné s výškou 16m, priemerom koruny 8m a vekom 250 rokov. Chránený je pre zabezpečenie jedinca ginka dvojlaločného ako dôkazu prispôsobivosti tejto vzácnej introdukovanej dreviny. Ochrana jeho kultúrnej, vedeckej a estetickej hodnoty. Nachádza sa v obci Súdovce 5m od rohu rodinného domu č.63.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Dub letný s výškou 23m, obvodom kmeňa 640cm, priemerom koruny 15m a vekom viac ako 400 rokov. Je to najmohutnejší dub v okrese a podľa odhadu veku aj najstarší. Chránený je z kultúrneho, historického, vedeckého a ekologického dôvodu. Nachádza sa v obci Kráľovce-Krnišov v časti Krnišov v lokalite Blatná na okraji lesného porastu.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1975 a 1996. Tisovec dvojradový s výškou 16m, obvodom kmeňa 344cm, priemerom koruny 12m a vekom odhadovaným na viac ako 100 rokov. Ochrana opadavého ihličnatého stromu, rastúceho v parku domu detí a mládeže. Jedna z mála introdukovaných drevín tohto druhu na území okresu. Esteticky dotvára prostredie parku. Chránený je z vedeckého, krajinárskeho a estetického dôvodu. Nachádza sa v Krupine.