Územie okresu Malacky zasahujú 2 chránené krajinné oblasti a 2 chránené vtáčie územia. CHKO Malé Karpaty CHKO Záhorie CHVÚ Malé Karpaty CHVÚ Záhorské pomoravie
Na území okresu Malacky sa nachádza 38 území európskeho významu. Abrod (SKUEV0177) Bencov mlyn (SKUEV0513) Bezodné (SKUEV0167) Bežnisko (SKUEV0172) Biele hory (SKUEV0267) Biele hory (SKUEV1267) Bogdalický vrch (SKUEV0124) Ciglát (SKUEV0166) Devínske jazero (SKUEV0313) Dúbrava (SKUEV0123) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV0125) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV1125) Homoľské Karpaty (SKUEV0104) Horný les (SKUEV0168) Jakubovské rybníky (SKUEV0116) Kaltenbruk (SKUEV0908) Kotlina (SKUEV0173) Kotlina (SKUEV1173) Kuchynská hornatina (SKUEV0276) Kuchynská hornatina (SKUEV1276) Malina (SKUEV0219) Marhecké rybníky (SKUEV0121) Mešterova lúka (SKUEV0170) Močiarka (SKUEV0218) Mokrý les (SKUEV0512) Morava (SKUEV0314) Ondriašov potok (SKUEV0217) Orlovské vŕšky (SKUEV0169) Peterklin (SKUEV0907) Rozporec (SKUEV0317) Rudava (SKUEV0163) Suchohradské alúvium Moravy (SKUEV0161) Široká (SKUEV0119) Šmolzie (SKUEV0177) Šranecké piesky...
Na území okresu Malacky sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií, 9 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 7 chránených areálov. Abrod Bezodné Bežnisko Bogdalický vrch Bukovina Deravá skala Devínske jazero Horný les Jazerinky Klokoč Kršlenica Marhecké rybníky Mešterova lúka Nové pole Orlovské vŕšky Pod Pajštúnom Pohanská Roštún Strmina Široká Šmolzie Šranecké piesky Vysoká