Územie okresu Pezinok zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 1 chránené vtáčie územie. CHKO Malé Karpaty CHVÚ Malé Karpaty
Na území okresu Pezinok sa nachádza 8 území európskeho významu. Biele hory (SKUEV0267) Homoľské Karpaty (SKUEV0104) Kuchynská hornatina (SKUEV0276) Lindava (SKUEV0174) Martinský les (SKUEV0089) Modransko-tŕňanské pustáky (SKUEV0967) Predhorie (SKUEV0503) Šúr (SKUEV0279)
Na území okresu Pezinok sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 5 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 1 chránený areál. Alúvium Gidry Hajdúchy Jurské jazero Limbašská vyvieračka Lindava Nad Šenkárkou Svätojurské hradisko Šúr Tisové skaly Zlatá studnička
Za chránený bol vyhlásený v roku 2007. Je to strom významný svojou ekologickou, estetickou a krajinotvornou hodnotou. Topoľ čierny s obvodom kmeňa 705cm, výškou 40m, priemerom koruny 19m a vekom 100 rokov. Rastie v Pezinku, časti Grinava.
Za chránené boli vyhlásené v roku 2003. Sú to tri najmohutnejšie exempláre jarabiny oskorušovej v oblasti Malých Karpát s vysokou ekologickou a krajinotvornou hodnotou. Stromy si zasluhujú ochranu z dôvodu ich mohutnosti, t.j. veku a obvodu kmeňa, ako aj z dôvodu ich ekologickej a krajinotvornej hodnoty. Výška stromov je 10-18m, vek 150-400 rokov. Prvý strom má obvod kmeňa 484cm a priemer koruny 16m, druhý 420cm a 14m a tretí 254cm a 12m. Stromy rastú východne od Modry.
Za chránený bol vyhlásený v roku 1997. Strom je významný z kultúrneho, ekologického, krajinotvorného, estetického, vedeckého hľadiska. Gaštan jedlý má obvod kmeňa 866cm, výšku 25m, priemer koruny 15m a vek 500 rokov. Rastie vo vinohradoch v obci Častá.