Územie okresu Košice-okolie zasahuje 1 národný park a 4 chránené vtáčie územia. NP Slovenský kras CHVÚ Košická kotlina CHVÚ Slanské vrchy CHVÚ Slovenský kras CHVÚ Volovské vrchy
Na území okresu Košice-okolie sa nachádza 14 území európskeho významu. Čierna Moldava (SKUEV0348) Dlhý vrch (SKUEV0917) Haništiansky les (SKUEV0935) Hornádske lúky (SKUEV0940) Hornádske meandre (SKUEV0944) Horný vrch (SKUEV0356) Jasovské dubiny (SKUEV0349) Kloptaň (SKUEV0919) Milič (SKUEV0327) Palanta (SKUEV0737) Strahuľka (SKUEV0326) Stredné Pohornádie (SKUEV0328) Stredný tok Bodvy (SKUEV0954) Trebejovské skaly (SKUEV0941)
Na území okresu Košice-okolie sa nachádza 11 národných prírodných rezervácií, 9 prírodných rezervácií, 5 národných prírodných pamiatok, 4 prírodné pamiatky a 2 chránené areály. Bokšov Bujanovská dubina Drienovská jaskyňa Hatinská jaskyňa Havrania skala Herliansky gejzír Humenec Jasovská jaskyňa Jasovské dubiny Kloptaň Krčmárka Kunia priepasť Kysacká jaskyňa Malá Izra Malé brdo Malý Milič Miličská skala Nižnočajská pieskovňa Palanta Perínske rybníky Rankovské skaly Sivec Skalistý potok Slanský hradný vrch Trstinové jazero Turniansky hradný vrch Veľký Milič Vozárska Vysoký vrch Zádielska tiesňava Zemné hradisko
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1990 a 1996. Lipa malolistá s výškou 32m, obvodom kmeňa 502cm, priemerom koruny 16m a vekom viac ako 200 rokov. Je chránená z vedecko-výskumných, náučných, kultúrno-výchovných a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Veľká Ida v parku pôvodne okolo objektu kaštieľa, v ktorom dnes sídli obecný úrad.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1990. Lipa malolistá s výškou 24m, obvodom kmeňa 533cm, priemerom koruny 18m a vekom viac ako 350 rokov. Je chránená z kultúrno-výchovných, vedecko-výskumných a náučných dôvodov. Nachádza sa v obci Hutníky v časti Sokoľany v súkromnom dvore.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Sekvojovec mamutí s výškou 22m, obvodom kmeňa 488cm, priemerom koruny 13m a vekom viac ako 130 rokov. Je chránený z vedecko-výskumných, náučných a kultúrno-výchovných dôvodov. Nachádza sa v obci Slanec.