Územie okresu Trebišov zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 3 chránené vtáčie územia. CHKO Latorica CHVÚ Medzibodrožie CHVÚ Ondavská rovina CHVÚ Slanské vrchy
Na území okresu Trebišov sa nachádza 15 území európskeho významu. Bačkovská dolina (SKUEV0845) Bisce (SKUEV0020) Bodrog (SKUEV0236) Boršiansky les (SKUEV0034) Dolný tok Ondavy (SKUEV0843) Dolný tok Tople (SKUEV0841) Horešské lúky (SKUEV0030) Kováčske lúky (SKUEV0329) Ladmovské vápence (SKUEV0032) Latorica (SKUEV0006) Milič (SKUEV0327) Tarbucka (SKUEV0019) Tarbucka (SKUEV2019) Tisa (SKUEV0846) Veľký kopec (SKUEV0029)
Na území okresu Trebišov sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií, 12 prírodných rezervácií a 2 chránené areály. Bačkovská dolina Biele jazero Bisce Boľské rašelinisko Boršiansky les Botiansky luh Dlhé Tice Horešské lúky Kašvár Krátke Tice Latorický luh Oborínsky luh Poniklecová lúčka Tajba Tarbucka Veľké jazero Veľký kopec Zatínsky luh Zemplínska jelšina
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1996. Dva exempláre dubu letného s výškou 25 a 22m, obvodom kmeňa 625 a 503cm, priemerom koruny 19 a 23m a vekom viac ako 250 a 200 rokov. Sú chránené z vedeckých, náučných, biologických, estetických a krajinárskych dôvodov. Nachádzajú sa v obecnom parku v časti Veľký Kazimír.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Platan západný s výškou 25m, obvodom kmeňa 410cm, priemerom koruny 29m a vekom viac ako 150 rokov. Je chránený z náučných, vedeckých, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Veľaty pri miestnej základnej škole.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1996. Dva exempláre dubu letného s výškou 25 a 20m, obvodom kmeňa 600 a 657cm, priemerom koruny 30 a 29m a vekom viac ako 250 a 300 rokov. Sú chránené z vedeckých, náučných, estetických a krajinárskych dôvodov. Nachádzajú sa v obci Parchovany.