Územie okresu Komárno zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 4 chránené vtáčie územia. CHKO Dunajské luhy CHVÚ Dolné Pohronie CHVÚ Dolné Považie CHVÚ Dunajské luhy CHVÚ Ostrovné lúky
Na území okresu Komárno sa nachádza 32 území európskeho významu. Abov (SKUEV0071) Alúvium Starej Nitry (SKUEV0155) Alúvium Starej Nitry (SKUEV2155) Alúvium Žitavy (SKUEV0159) Bokrošské slanisko (SKUEV0076) Búčske slanisko (SKUEV0069) Čenkov (SKUEV2067) Číčovské luhy (SKUEV0182) Číčovské luhy (SKUEV1182) Čiližské močiare (SKUEV1227) Detvice (SKUEV0072) Dolnovážske luhy (SKUEV0092) Dunaj (SKUEV0393) Dunaj (SKUEV2393) Dunajské luhy (SKUEV2090) Dunajské trstiny (SKUEV0077) Chotínske piesky (SKUEV0100) Jurský chlm (SKUEV0068) Komárňanské slanisko (SKUEV0010) Listové jazero (SKUEV0073) Lohotský močiar (SKUEV0552) Malý Dunaj (SKUEV0822) Marcelovské piesky (SKUEV0065) Martovská mokraď (SKUEV0070) Mostová (SKUEV0078) Nesvadské piesky (SKUEV0098) Nesvadské piesky (SKUEV2098) Pavelské slanisko (SKUEV0099) Pohrebište (SKUEV0395) Pri Orechovom rade (SKUEV0017) Vážsky Dunaj (SKUEV0819) Veľkolélsky ostrov...
Na území okresu Komárno sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 16 prírodných rezervácií a 18 chránených areálov. Alúvium Žitavy Apálsky ostrov Bohatský park Bokrošské slanisko Búčske slanisko Čenkov Číčovské mŕtve rameno Číčovský park Dropie Dunajské trstiny Hurbanovský park Chotínske piesky Jurský chlm Kaštieľsky park Komárňanské slanisko Komočín Kratina Kraviansky park Listové jazero Lohotský močiar Malý ostrov Marcelovské piesky Marcelovský park Martovská mokraď Mostová Nesvadské piesky Pavelské slanisko Pod Starým vrchom Pohrebište Pribetský háj Pri Orechovom rade Révajovská pustatina Strážsky park Svätopeterský park Vrbina Zlatniansky luh
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Orech čierny s výškou 20m, obvodom kmeňa 360cm, priemerom koruny 18m a vekom viac ako 150 rokov. Dôvodom ochrany na návrh okresného konzervátora je vedecký, ekologický, krajinársky a estetický význam stromu. Nachádza na okraji lesného porastu č.428 vedľa poľnej cesty asi 200m severozápadne od obce Mudroňovo.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1996. Je to skupina 67 exemplárov platanu javorolistého s výškou 8-27m, obvodom kmeňa 185-405cm, priemerom koruny 4-28m a vekom viac ako 250 rokov. Na návrh okresného konzervátora sú stromy chránené z vedeckých, ekologických, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádzajú sa po oboch stranách ulice v lokalite Alžbetin ostrov v Komárne.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1994. Eklekticistický dom, archív, postavený pred rokom 1889. Upravovaný bol v 19.-20.storočí a v rokoch 1996-1999. Má jedno a dvojtraktovú dispozíciu, pôdorys v tvare U, je dvojpodlažný s podkrovím a podpivničením. Pavlačový radový dom sa nachádza na ulici Vojenská 1 pri kasárňach a dnes v ňom sídli okresný archív.