Územie okresu Kežmarok zasahujú 2 národné parky a 1 chránené vtáčie územie. Pieninský národný park (PIENAP) Tatranský národný park (TANAP) CHVÚ Levočské vrchy
Na území okresu Kežmarok sa nachádza 12 území európskeho významu. Belianske lúky (SKUEV0144) Beliansky potok (SKUEV0333) Jordanec (SKUEV0950) Malé osturnianske jazerá (SKUEV0335) Osturniansky potok (SKUEV0712) Pieniny (SKUEV0337) Pieniny (SKUEV1337) Poš (SKUEV0709) Stredný tok Popradu (SKUEV0951) Tatry (SKUEV0307) Trstinné lúky (SKUEV0945) Veľké osturnianske jazero (SKUEV0334)
Na území okresu Kežmarok sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 7 prírodných rezervácií a 3 prírodné pamiatky. Belianske lúky Beliansky potok Jaskyňa v Skalke Jazero Jezerské jazero Kút Malé jazerá Mokriny Pálenica Poš Slavkovský jarok Veľké osturnianske jazero
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1997. Lipa veľkolistá s výškou 34m, obvodom kmeňa 816cm, priemerom koruny 25m a vekom viac ako 500 rokov. Je chránená z prírodných, historických, kultúrnych a krajinárskych dôvodov. Nachádza sa 6km severozápadne od obce Toporec v lokalite Pustovec.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1997. Javor horský. Je chránený z ekologických, krajinotvorných a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Osturňa. Strom fyzicky neexistuje. Bol podaný podnet na zrušenie ochrany.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 2002. Výpravná budova železničnej stanice Studený Potok v štýle hrázdenej architektúry z roku 1895. Prízemná stavba s podpivničením, jednotraktovou dispozíciou a dvojkrídlovým nepravidelným pôdorysom. Autorom stavby je Adolf Niedenthal. Nachádza sa v lokalite Studený Potok 93.