Územie okresu Levoča zasahuje 1 chránené vtáčie územie. CHVÚ Levočské vrchy
Na území okresu Levoča sa nachádza 9 území európskeho významu. Dravčianska stráň (SKUEV0111) Hrádok (SKUEV0927) Jereňaš (SKUEV0224) Levočské dubiny (SKUEV0110) Ordzovianske dubiny (SKUEV0108) Rajtopíky (SKUEV0109) Spišskopodhradské stráne (SKUEV0107) Spišskopodhradské travertíny (SKUEV0105) Spišskopodhradské travertíny (SKUEV2105)
Na území okresu Levoča sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 2 prírodné rezervácie a 6 prírodných pamiatok. Dreveník Hájik Jazerec Na bani Ostrá hora Pažitské jazierko Podhorské Rajtopíky Sivá Brada Travertínová kopa Sobotisko Zlatá brázda
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 2008. Borovica lesná s výškou 14m, obvodom kmeňa 365cm, priemerom koruny 14m a vekom viac ako 200 rokov. Ochrana významného stromu z ekologických, estetických a krajinotvorných dôvodov. Nachádza sa v obci Spišský Štvrtok.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1975 a 1997. Sú to tri exempláre duba letného s výškou 16-22m, obvodom kmeňa 313-343cm, priemerom koruny 18-19m a vekom viac ako 250 rokov. Sú chránené z dendrologických, estetických, historických, krajinotvorných, kultúrnych, vedeckých a ekologických dôvodov. Nachádzajú sa v obci Bijacovce na nádvorí kaštieľa.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1973. Barokový oblúkový kamenný cestný most z rokov 1803-1808. Upravovaný bol v roku 1994. Štvorklenbová stavba. Autorom je Probstner. Nachádza sa pri hlavnej ceste.