Územie okresu Poprad zasahujú 3 národné parky a 3 chránené vtáčie územia. NP Nízke Tatry (NAPANT) NP Slovenský raj Tatranský národný park (TANAP) CHVÚ Nízke Tatry CHVÚ Slovenský raj CHVÚ Tatry
Na území okresu Poprad sa nachádza 15 území európskeho významu. Blatá (SKUEV0146) Gánovské slaniská (SKUEV0139) Horný tok Hornádu (SKUEV0290) Kráľovohoľské Tatry (SKUEV0310) Kráľovohoľské Tatry (SKUEV1310) Machy (SKUEV0308) Pastierske (SKUEV0196) Poprad (SKUEV0309) Poš (SKUEV0709) Primovské skaly (SKUEV0708) Slovenský raj (SKUEV0112) Slovenský raj (SKUEV2112) Spišskoteplické slatiny (SKUEV0140) Tatry (SKUEV0307) Vydrnícka slatina (SKUEV0782)
Na území okresu Poprad sa nachádza 22 národných prírodných rezervácií, 25 prírodných rezervácií, 4 národné prírodné pamiatky a 3 prírodné pamiatky. Baba Batizovská dolina Belianska jaskyňa Belianske Tatry Bielovodská dolina Blatá Bor Bôrik Brezina Brezové Briežky Čikovská Dolina Bielej vody Elektrárenská jaskyňa Fľak Furkotská dolina Gánovské travertíny Goliašová Grapa Hnilecká jelšina Hrádok nad Pavúčou dolinou Hranovnická dubina Hučivá diera Javorinka Javorová dolina Jedliny Jelšina Kôprová dolina Martalúzka Mengusovská dolina Mlynická dolina Mokriny Mraznica Pálenica Pastierske Pavlová Pod Črchľou Poš Pralesy Slovenska – Holičná Pramenište Primovské skaly Rašelinisko Skalka Skalnatá dolina Slavkovská dolina Studené doliny Surovec Štôlska dolina Švábovská stráň Tichá...
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1997. Sú to dva exempláre lipy malolistej s výškou 18 a 21m, obvodom kmeňa 289 a 394cm, priemerom koruny 12 a 16m a vekom viac ako 115 rokov. Sú chránené z pamätných, historických, kultúrnych, vedeckých a estetických dôvodov. Nachádzajú sa v obci Štrba na starom cintoríne.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1975 a 1997. Sú to dva exempláre brestu horského s výškou 26 a 25m, obvodom kmeňa 316 a 380cm, priemerom koruny 15 a 18m a vekom viac ako 200 rokov. Sú chránené z estetických, krajinotvorných a krajinárskych dôvodov. Nachádzajú sa východne od obce Spišský Štiavnik pri štátnej ceste.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 2008. Lipa malolistá s výškou 15m, obvodom kmeňa 538cm, priemerom koruny 15m a vekom viac ako 200 rokov. Je chránená z vedeckých, estetických a krajinotvorných dôvodov. Nachádza sa v obci Spišské Bystré.