Územie okresu Stará Ľubovňa zasahuje 1 národný park a 2 chránené vtáčie územia. Pieninský národný park (PIENAP) CHVÚ Čergov CHVÚ Levočské vrchy
Na území okresu Stará Ľubovňa sa nachádza 7 území európskeho významu. Čergovský Minčol (SKUEV0331) Kolačkovský potok (SKUEV0931) Pieninské bradlá (SKUEV0339) Pieniny (SKUEV0337) Pieniny (SKUEV1337) Plavečské štrkoviská (SKUEV0338) Stredný tok Popradu (SKUEV0951)
Na území okresu Stará Ľubovňa sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia, 1 prírodná rezervácia, 1 národná prírodná pamiatka, 8 prírodných pamiatok, 1 chránený areál a 1 obecné chránené územie. Aksamitka Čergovský Minčol Jaskyňa v Čube Kyjovské bradielko Litmanovský potok Lysá hora Okrúhly kopec Plavečské štrkoviská Rebrá Rička Skalná ihla Slatina pri Šarišskom Jastrabí Údolské skalky
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1989 a 1997. Mohutná lipa veľkolistá s výškou 32m, obvodom kmeňa 545cm, priemerom koruny 20m a vekom viac ako 400 rokov. Je chránená z kultúrno-estetických, prírodovedných a vedeckých dôvodov. Nachádza sa v obci Veľká Lesná pri kostole.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1989 a 1997. Skupina 23 exemplárov pagaštana konského s výškou 12-26m, obvodom kmeňa 101-299cm, priemerom koruny 6-11m a vekom viac ako 130 rokov. Sú chránené z krajinársko-estetických, historických, prírodovedných a kultúrnych dôvodov. Nachádzajú sa okolo prístupovej cesty na hrad v Starej Ľubovni.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1989 a 1997. Javor horský s výškou 23m, obvodom kmeňa 359cm, priemerom koruny 20m a vekom viac ako 300 rokov. Starý a pamätný strom je chránený z kultúrnych, vedeckých a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Kamienka pri kostole a cintoríne.