Územie okresu Sabinov zasahujú 2 chránené vtáčie územia. CHVÚ Čergov CHVÚ Levočské vrchy
Územie okresu Prešov zasahujú 3 chránené vtáčie územia. CHVÚ Čergov CHVÚ Slanské vrchy CHVÚ Volovské vrchy
Územie okresu Poprad zasahujú 3 národné parky a 3 chránené vtáčie územia. NP Nízke Tatry (NAPANT) NP Slovenský raj Tatranský národný park (TANAP) CHVÚ Nízke Tatry CHVÚ Slovenský raj CHVÚ Tatry
Územie okresu Medzilaborce zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 1 chránené vtáčie územie. CHKO Východné Karpaty CHVÚ Laborecká vrchovina
Územie okresu Levoča zasahuje 1 chránené vtáčie územie. CHVÚ Levočské vrchy
Územie okresu Kežmarok zasahujú 2 národné parky a 1 chránené vtáčie územie. Pieninský národný park (PIENAP) Tatranský národný park (TANAP) CHVÚ Levočské vrchy