Územie okresu Skalica zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 1 chránené vtáčie územie. CHKO Biele Karpaty CHVÚ Záhorské pomoravie
Na území okresu Skalica sa nachádza 6 území európskeho významu. Gbelský les (SKUEV0904) Havran (SKUEV0901) Holíčske alúvium Moravy (SKUEV0905) Skalické alúvium Moravy (SKUEV0315) Skalické alúvium Moravy (SKUEV2315) Veterník (SKUEV0902)
Na území okresu Skalica sa nachádzajú 2 prírodné rezervácie, 5 prírodných pamiatok a 3 chránené areály. Búdkovianske rybníky Chropovská strž Chvojnica Ivanské rameno Kátovské rameno Raková Šmatlavé uhlisko Štepnické rameno Veterník Vodná nádrž Petrova Ves
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1993 a 1996. Sú to štyri exempláre lipy malolistej s výškou 5-16m, obvodom kmeňa 126-535cm, priemerom koruny 6-10m a vekom viac ako 60-180 rokov. Lipy predstavujú sprievodnú zeleň sakrálnej pamiatky a sú chránené z historických, estetických, kultúrnych a ekologických dôvodov. Nachádzajú sa južne od obce Radimov na Holíčskej hore pri štátnej ceste Radimov – Unín.
Národná kultúrna pamiatka Súbor cestných mostov vyhlásená v roku 1990. Oblúkové tehlové cestné mosty z roku 1751. Upravované boli v roku 1925. Nachádzajú sa na ulici Nádražná na ceste k autoservisu.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1963. Náhrobník spisovateľa Michala Boora /1837-1891/. Má obdĺžnikový pôdorys. Nachádza sa na evanjelickom cintoríne.