Územie okresu Trnava zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 3 chránené vtáčie územia. CHKO Malé Karpaty CHVÚ Malé Karpaty CHVÚ Špačinsko-nižnianske polia CHVÚ Úľanská mokraď
Na území okresu Trnava sa nachádza 7 území európskeho významu. Biele hory (SKUEV0267) Biele hory (SKUEV1267) Bolerázske sysľovisko (SKUEV0948) Brezovské Karpaty (SKUEV0278) Brezovské Karpaty (SKUEV1278) Buková (SKUEV0268) Nad vinicami (SKUEV0277)
Na území okresu Trnava sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 8 prírodných rezervácií, 1 národná prírodná pamiatka, 3 prírodné pamiatky a 3 chránené areály. Bolehlav Buková Driny Čertov žľab Čierna skala Hlboča Katarína Klokoč Ľahký kameň Lošonský háj Skalné okno Slopy Trnavské rybníky Vlčkovský háj Všivavec Vyvieračka pod Bachárkou Záruby
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 2000. Sú to dva exempláre platanu javorolistého s výškou 37 a 32m, obvodom kmeňa 350cm, priemerom koruny 26 a 16m a vekom viac ako 150 rokov. Vzhľadom na ich vek sú to mimoriadne významné stromy v okrese. Sú chránené z ekologických, krajinotvorných a estetických dôvodov. Nachádzajú sa v obci Voderady v parku.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1993 a 1996. Sú to dva exempláre lipy veľkolistej s výškou 12 a 28m, obvodom kmeňa 502 a 555cm, priemerom koruny 10 a 11m a vekom viac ako 200 rokov. Stromy majú vysoký vek, rozmery a historickú hodnotu. Sú chránené z kultúrnych, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádzajú sa v Trnave pri Kalvárii v parku p. Lišku.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 2000. Lipa malolistá s výškou 23m, obvodom kmeňa 653cm, priemerom koruny 21m a vekom viac ako 300 rokov. Vzhľadom na svoj vek je mimoriadne významným stromom v okrese. Je chránená z kultúrnych, krajinotvorných, ekologických, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Smolenice pri kostole.