Územie okresu Dolný Kubín zasahujú 2 národné parky, 2 chránené krajinné oblasti a 3 chránené vtáčie územia. NP Malá Fatra NP Veľká Fatra CHKO Horná Orava CHKO Kysuce CHVÚ Horná Orava CHVÚ Chočské vrchy CHVÚ Malá Fatra
Na území okresu Dolný Kubín sa nachádza 10 území európskeho významu. Choč (SKUEV0305) Kysucké Beskydy (SKUEV0288) Malá Fatra (SKUEV0252) Orava (SKUEV0243) Pramene Hruštínky (SKUEV0185) Prosečné (SKUEV0192) Šíp (SKUEV0663) Váh (SKUEV0253) Veľká Fatra (SKUEV0238) Zázrivské lazy (SKUEV0251)
Na území okresu Dolný Kubín sa nachádza 7 národných prírodných rezervácií, 5 prírodných rezervácií, 1 národná prírodná pamiatka, 3 prírodné pamiatky a 2 chránené areály. Bôrická mláka Dubovské lúky Choč Javorinka Kraľoviansky meander Kunovo Minčol Oravské hradné bralo Ostrá skala a Tupá skala Paráč Pucovské zlepence Rieka Orava Rozsutec Sokolec Šíp Šrámková Šútovská dolina Veľká Lučivná
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1974 a 1996. Chránený je z vedecko-výskumného, kultúrno-výchovného, estetického, náučného, historického a krajinárskeho významu. Topoľ čierny s obvodom kmeňa 520cm, výškou 25m, priemerom koruny 16m a vekom okolo 100 rokov. Strom rastie v areáli SOU v Oravskom Podzámku.
Za chránený strom bola vyhlásená vr oku 1974 a 1996. Chránená je z vedecko-výskumného, kultúrno-výchovného, estetického, náučného, krajinárskeho a historického významu. Tuja západná s obvodom kmeňa 228cm, výškou 17m, priemerom koruny 8m a vekom okolo 100 rokov. Strom rastie v obci Krivá pri rodinnom dome č.72.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1974 a 1996. Chránený je z vedecko-výskumného, kultúrno-výchovného, estetického, náučného, historického a krajinárskeho významu. Topoľ čierny s obvodom kmeňa 490cm, výškou 30m, priemerom koruny 22m a vekom okolo 100 rokov. Strom rastie v Oravskom Podzámku na parkovisku na nábreží rieky Orava.