Územie okresu Liptovský Mikuláš zasahujú 2 národné parky a 3 chránené vtáčie územia. Tatranský národný park (TANAP) NP Nízke Tatry (NAPANT) CHVÚ Chočské vrchy CHVÚ Nízke Tatry CHVÚ Tatry
Na území okresu Liptovský Mikuláš sa nachádza 21 území európskeho významu. Belá (SKUEV0141) Biely Váh (SKUEV0143) Červený grúň (SKUEV0150) Demänovská slatina (SKUEV0061) Ďumbierske Tatry (SKUEV0302) Hybica (SKUEV0142) Hybická tiesňava (SKUEV0194) Chraste (SKUEV0060) Jelšie (SKUEV0059) Jelšie (SKUEV1059) Kráľovohoľské Tatry (SKUEV0310) Kráľovohoľské Tatry (SKUEV1310) Machy (SKUEV0308) Pod Suchým hrádkom (SKUEV0306) Prosečné (SKUEV0192) Salatín (SKUEV0197) Skribňovo (SKUEV0300) Švihrová (SKUEV0228) Tatry (SKUEV0307) Tlstá (SKUEV0058) Turková (SKUEV0296)
Na území okresu Liptovský Mikuláš sa nachádza 11 národných prírodných rezervácií, 5 prírodných rezervácií, 11 národných prírodných pamiatok, 5 prírodných pamiatok a 5 chránených areálov. Bodický rybník Demänovská dolina Demänovská slatina Demänovské jaskyne Ďumbier Háje Hrádocké arborétum Hybická tiesňava Jánska dolina Jaskyňa zlomísk Jelšie Kamenné mlieko Kvačianska dolina Machy Malá Stanišovská jaskyňa Mašiansky balvan Mních Ohnište Okno Pralesy Slovenska – Chmelinec Pralesy Slovenska – Hromisko Prosiecka dolina Ratkovo Salatín Sielnický borovicový háj Stanišovská jaskyňa Starý hrad Suchá dolina Štefanová Švihrová Tichá dolina Turková Važecká jaskyňa Veľká ľadová priepasť Vrbické pleso Zápoľná Záskočská jaskyňa
Za chránený bol vyhlásený v roku 1975 a 1996. Topoľ čierny s obvodom kmeňa 514cm, výškou 22m, priemerom koruny 21m a vekom okolo 100 rokov. Je chránený z kultúrneho, vedeckého, krajinárskeho a estetického dôvodu. Jeho historický význam je spojený s históriou SNP pri oslobodzovaní Liptova 1.čsl. armádnym zborom a sovietskou armádou. Stojí v Liptovskom Mikuláši pri ceste do lokality Na Nicovô.
Za chránené boli vyhlásené v roku 1979 a 1996. Sú to tri exempláre lipy malolistej. Prvá má obvod kmeňa 400cm, výšku 8m a nezistený priemer koruny. Druhá lipa s obvodom kmeňa 320cm, výškou 22m a priemerom koruna 14m. Tretia lipa má obvod kmeňa 368cm, výšku 21m a priemer koruny 12m. Všetky lipy majú vek 100 rokov. Stoja v záhrade v obci Trstené.
Za chránený bol vyhlásený v roku 1999. Topoľ čierny s obvodom kmeňa 485cm, výškou 18m, priemerom koruny 22m a vekom okolo 120 rokov. Je chránený z kultúrneho, ekologického, krajinotvorného, estetického a vedeckého dôvodu. Stojí v obci Liptovské Matiašovce.