Územie okresu Námestovo zasahuje 1 národný park, 1 chránená krajinná oblasť a 2 chránené vtáčie územia. NP Malá Fatra CHKO Horná Orava CHVÚ Horná Orava CHVÚ Malá Fatra
Na území okresu Námestovo sa nachádza 16 území európskeho významu. Babia hora (SKUEV0189) Hruštínska hoľa (SKUEV0661) Koleňová (SKUEV0659) Lesnianska hoľa (SKUEV0964) Lomnianska hoľa (SKUEV0826) Macangov Beskyd (SKUEV0660) Oravská vodná nádrž (SKUEV0304) Oravská vodná nádrž (SKUEV2304) Pilsko (SKUEV0188) Pramene Hruštínky (SKUEV0185) Rašeliniská Bielej Oravy (SKUEV0191) Rašeliniská Oravských Beskýd (SKUEV0187) Slaná voda (SKUEV0190) Ústie Bielej Oravy (SKUEV0658) Vahanov (SKUEV0828) Vasiľovská hoľa (SKUEV0662)
Na území okresu Námestovo sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia a 1 prírodná rezervácia. Minčol Paráč
Za chránený bol vyhlásený v roku 2006. Smrekovec opadavý je chránený z krajinotvorného, estetického a ekologického významu. Má obvod kmeňa 304cm, výšku 32m a priemer koruny 11m. Rastie v Oravskej Polhore v lokalite Slaná voda.
Za chránený bol vyhlásený v roku 1974 a 1996. Je chránená z vedecko-výskumného, estetického, kultúrno-výchovného, historického, náučného a krajinárskeho významu. Je to lipa malolistá s obvodom kmeňa 473cm, výškou 27m, priemerom koruny 22m a vekom 250 rokov. Rastie juhovýchodne od obce Oravské Veselé v lokalite Grapa na okraji poľnej cesty v blízkosti starej drevenice.
Za chránený bola vyhlásená v roku 1974 a 1996. Je chránená z vedecko-výskumného, estetického, kultúrno-výchovného, historického, náučného a krajinárskeho významu. Je to mohutná lipa veľkolistá s obvodom kmeňa 673cm, výškou 27m, priemerom koruny 19m a vekom 350 rokov. Stojí na cintoríne v obci Rabčice.