Územie okresu Tvrdošín zasahuje 1 národný park, 1 chránená krajinná oblasť a 2 chránené vtáčie územia. Tatranský národný park (TANAP) CHKO Horná Orava CHVÚ Horná Orava CHVÚ Tatry
Na území okresu Tvrdošín sa nachádza 9 území európskeho významu. Jelešňa (SKUEV0222) Jelešňa (SKUEV2222) Medzi bormi (SKUEV0145) Orava (SKUEV0243) Oravská vodná nádrž (SKUEV2304) Osadská (SKUEV0963) Rašeliniská Oravskej kotliny (SKUEV0057) Tatry (SKUEV0307) Zimník (SKUEV0193)
Na území okresu Tvrdošín sa nachádza 6 národných prírodných rezervácií, 3 prírodné rezervácie, 1 národná prírodná pamiatka a 2 chránené areály. Bielska skala Bratkovčík Brestovská jaskyňa Juráňova dolina Kotlový žľab Mačie diery Medzi bormi Osobitá Rieka Orava Roháčske plesá Sivý vrch Úplazíky
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1974 a 1996. Päť exemplárov lipy veľkolistej. Prvá lipa má obvod kmeňa 327cm, výšku 15m, priemer koruny 12m a vek 100 rokov. Druhá lipa má obvod kmeňa 254cm, výšku 16m, priemer koruny 14m a vek 100 rokov. Tretia lipa má obvod kmeňa 228cm, výšku 14m, priemer koruny 12m a vek 100 rokov. Štvrtá lipa má obvod kmeňa 300cm, výšku 16m, priemer koruny 12m a vek 100 rokov. Piata lipa má obvod kmeňa 423cm, výšku 30m, priemer koruny 18m a vek 110 rokov. Stromy sú významné z vedecko-výskumného, náučného, estetického a kultúrno-výchovného hľadiska. Rastú v Tvrdošíne, v časti Medvedzie pri kúrii, v ktorej sa...
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1974 a 1996. Lipa veľkolistá s obvodom kmeňa 417cm, výškou 24m, priemerom koruny 12m a vekom 110 rokov. Je významná z vedecko-výskumného, náučného, estetického, kultúrno-výchovného a krajinárskeho hľadiska. Rastie v Tvrdošíne.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1974 a 1996. Lipa veľkolistá s obvodom kmeňa 455cm, výškou 23m, priemerom koruny 14m a vekom 110 rokov. Je významná z vedecko-výskumného, náučného, estetického a kultúrno-výchovného hľadiska. Rastie v obci Podbiel.