Na území okresu Bratislava III sa nachádza 3 územia európskeho významu. Homoľské Karpaty (SKUEV0104) Vydrica (SKUEV0388) Vydrica (SKUEV1388)
Na území okresu Bratislava II sa nachádzajú 3 územia európskeho významu. Biskupické luhy (SKUEV0295) Hrušov (SKUEV0270) Malý Dunaj (SKUEV0822)
Na území okresu Senec sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia. Šúr
Na území okresu Pezinok sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 5 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 1 chránený areál. Alúvium Gidry Hajdúchy Jurské jazero Limbašská vyvieračka Lindava Nad Šenkárkou Svätojurské hradisko Šúr Tisové skaly Zlatá studnička
Na území okresu Malacky sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií, 9 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 7 chránených areálov. Abrod Bezodné Bežnisko Bogdalický vrch Bukovina Deravá skala Devínske jazero Horný les Jazerinky Klokoč Kršlenica Marhecké rybníky Mešterova lúka Nové pole Orlovské vŕšky Pod Pajštúnom Pohanská Roštún Strmina Široká Šmolzie Šranecké piesky Vysoká
Na území okresu Bratislava V sa nachádzajú 2 prírodné rezervácie a 6 chránených areálov. Hrabiny Chorvátske rameno Jarovská bažantnica Ostrovné lúčky (PR) Ostrovné lúčky (CHA) Pečniansky les Soví les Starý háj