Územie okresu Levice zasahuje 1 chránená krajinná oblasť a 2 chránené vtáčie územia. CHKO Štiavnické vrchy CHVÚ Dolné Pohronie CHVÚ Poiplie
Na území okresu Levice sa nachádza 19 území európskeho významu. Alúvium Ipľa (SKUEV0257) Brezovská stráň (SKUEV0392) Brezovská stráň (SKUEV2392) Cerovina (SKUEV0129) Čajkovské bralie (SKUEV0262) Čierny hrad (SKUEV0875) Hodrušská hornatina (SKUEV0263) Horná hora (SKUEV0876) Horšianska dolina (SKUEV0870) Jedzina (SKUEV0872) Litava (SKUEV0036) Ludinský háj (SKUEV0180) Mochovská cerina (SKUEV0867) Patianska cerina (SKUEV0882) Rataj (SKUEV0865) Šándorky (SKUEV0271) Tlstý vrch (SKUEV0258) Vozokánsky luh (SKUEV0272) Vozokánsky luh (SKUEV2272)
Na území okresu Levice sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie, 7 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 6 chránených areálov. Bíňanský rybník Bohunický park Hlohyňa Horšianska dolina Jabloňovský Roháč Kráľovičova slatina Krivín Kusá hora Levické rybníky Levický park Patianska cerina Šándorky Šípka Travertínová kopa Vozokánsky luh Zlepencová terasa Želiezovský park
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Tisovec dvojradový s výškou 24m, obvodom kmeňa 482cm, priemerom koruny 12m a vekom viac ako 200 rokov. Významný a pamätný strom je chránený z vedeckých dôvodov. Nachádza sa v Želiezovciach pri amfiteátri.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Dub letný s výškou 19m, obvodom kmeňa 458cm, priemerom koruny 17m a vekom viac ako 250 rokov. Významný a pamätný strom je chránený z vedeckých dôvodov. Nachádza sa v obci Vozokany nad Hronom v areáli liečebného ústavu.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1996. Lipa veľkolistá s výškou 19m, obvodom kmeňa 366cm, priemerom koruny 18m a vekom viac ako 200 rokov. Významný a pamätný strom je chránený z krajinárskych dôvodov. Nachádza sa v obci Tupá v časti Chorvatice pri kostole.