Územie okresu Sabinov zasahujú 2 chránené vtáčie územia. CHVÚ Čergov CHVÚ Levočské vrchy
Na území okresu Sabinov sa nachádza 6 území európskeho významu. Bradlové pásmo (SKUEV0942) Čergov (SKUEV0332) Čergovský Minčol (SKUEV0331) Pod Misárňami (SKUEV0968) Torysa (SKUEV0336) Valalská voda (SKUEV0933)
Na území okresu Sabinov sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie a 4 prírodné rezervácie. Bišar Bradlové pásmo Čergovský Minčol Hradová hora Valalská voda Vlčia
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1997. Sekvojovec mamutí s výškou 20m, obvodom kmeňa 437cm, priemerom koruny 14m a vekom viac ako 130 rokov. Je chránená z kultúrnych, vedeckých a estetických dôvodov. Strom vzácneho výskytu sa nachádza v obci Uzovský Šalgov v areáli materskej školy.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1991 a 1997. Sú to dva exempláre dubu letného s výškou 16 a 18m, obvodom kmeňa 340 a 490cm, priemerom koruny 16 a 18m a vekom viac ako 220 rokov. Sú chránené z vedecko-výskumných, kultúrnych a ekologických dôvodov. Nachádzajú sa v obci Pečovská Nová Ves v parku pri ihrisku.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1983 a 1997. Lipa malolistá s výškou 15m, obvodom kmeňa 520cm, priemerom koruny 18m a vekom viac ako 300 rokov. Je chránená z dendrologických, prírodných, kultúrnych, vedeckých a estetických dôvodov. Nachádza sa pri obci Lipany.