V geomorfologickom celku Juhoslovenská kotlina sa nachádza celkom 53 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Ipeľská kotlina, v časti Pôtorská pahorkatina sú to 2 jaskyne, v podcelku Lučenská kotlina sú to 2 jaskyne (v časti Jelšovská pahorkatina 1 a v časti Poltárska pahorkatina 2 jaskyne) a v podcelku Rimavská kotlina je to 49 jaskýň (v časti Gemerské terasy 3 a v časti Licinská pahorkatina 46 jaskýň).
Podcelok Ipeľská kotlina
Časť Pôtorská pahorkatina
Pecna
Židova diera
Podcelok Lučenská kotlina
Časť Jelšovská pahorkatina
Jaskyňa pri Trenči
Časť Poltárska pahorkatina
Jaskyňa v maare
Podcelok Rimavská kotlina
Časť Gemerské terasy
Jaskyňa v štôlni Fortuna
Kamenná diera (Kölyuk, Manuhpest)
Morské oko (Meleg víz)
Časť Licinská pahorkatina
Cintorínska jaskyňa (Jaskyňa pri cintoríne)
Dolná mašianka jaskyňa (Spodná jaskyňa v Maši)
Dvojitá jaskyňa (Jaskyňa 9)
Dvojvchodová dutina
Eskala
Horná mašianska jaskyňa (Vrchná jaskyňa v Maši)
Hutnianska jaskyňa (Jaskyňa v Maši III, Roszygyári)
Jaskyňa pri Mlynskom jarku (Malomgáti brlang)
Jaskyňa pri potoku (SE-3)
Jaskyňa v doline Drienovského potok
Jaskyňa 6
Jaskyňa 7
Levártska jaskyňa (Strelnická jaskyňa)
Levártska jaskyňa sonda 1
Levártska jaskyňa sonda 3
Levártska jaskyňa sonda 4
Levártska kaplnka
Levártska priepasť
Líščia nora
Malá hutnianska jaskyňa (Malá jaskyňa Rossgyári)
Malá vrstevná jaskyňa (SE-4)
Meliatska jaskyňa I
Meliatska jaskyňa II (Jaskyňa pri Nagy-szög)
Mlynská jaskyňa (Jaskyňa na mlynskom vrchu)
Okienko
Okrúhla dutina (Jaskyňa 2)
Pekelná diera (Pokol lyuk)
Peško (Peskő)
Peškovská rúra
Podozrivá puklina (Jaskyňa 3)
Priepasť na Mlynskom vrchu
Prievanová puklina
Puklina pod bralom (Jaskyňa 4)
Relikt nad Peško
Skalická jaskyňa
Skalná dutina v Maši
Skerešovská jaskyňa (Jaskyňa v Šteňacom vŕšku)
Sovia jaskyňa (Bagoly lyuk)
Spodná jaskyňa (Peskő II, Malá jaskyňa)
Studnica
Studnica 2
Škrapová jaskyňa
Šlosiarova jaskyňa (Levártska jaskyňa sonda 2)
Tunelík
Veľká vrstevná jaskyňa (SE-5)
Zanesený meander