Poloha: Nachádza sa v okrese Bratislava II, v katastri mestských častí Ružinov (lokalita Nivy) a Vrakuňa, v okrese Dunajská Streda, v katastri Dunajskej Stredy (mestská časť Malé Blahovo) a obcí Blahová, Horná Potôň (miestna časť Čečínska Potôň), Horné Mýto, Jahodná, Janíky (miestne časti Dolné Janíky a Horné Janíky), Jelka (lokalita Nová Jelka), Mostová (lokality Ostrov a Šoriakoš), Nový Život (miestna časť Eliášovce), Okoč, Orechová Potôň (miestna časť Dolná Potôň), Potônske Lúky, Topoľníky (lokality Dolné Topoľníky a Horné Topoľníky), Vrakúň (miestna časť Rastice), Trhová Hradská, Veľká Paka, Veľké Blahovo a Vydrany, v okrese Galanta, v katastri obcí Dolný Chotár, Tomášikovo, Veľké Úľany (miestna časť Nové Osady),
v okrese Komárno, v katastri Kolárova a obce Dedina Mládeže a v okrese Senec, v katastri obcí Bernolákovo, Nová Dedinka (miestne časti Dedinka pri Dunaji a Nová Ves pri Dunaji), Hrubý Šúr, Hurbanova Ves, Ivanka pri Dunaji, Kostolná pri Dunaji, Malinovo, Most pri Bratislave, Tomášov, Tureň, Vlky a Zálesie.
Rozloha: 1.738,44ha.
Vyhlásenie: Územie bolo do národného zoznamu území európskeho významu doplnené na základe Uznesenia vlády č.495 z 25.10.2017. Územie je súčasťou sústavy NATURA 2000.
Dôvod ochrany: Územie bolo vyhlásené z dôvodu ochrany biotopov európskeho významu: Prirodzené eutrofné mezotrofné stojaté vody s vegetáciou plávajúcich a/alebo ponorených cievnatých rastlín typu Magnopotamion alebo Hydrocharition (3150), Nížinné až horské vodné toky s vegetáciou zväzu Ranunculion fluitantis a Callitricho-Batrachion (3260), Rieky s bahnitými až piesočnatými brehmi s vegetáciou zväzov Chenopodion rubri p.p. a Bidention p.p. (3270), Suchomilné travinnobylinné a krovinové porasty na vápnitom podloží (*6210), Lužné vŕbovo-topoľové a jelšové lesy (*91E0), Lužné dubovobrestovo-jaseňové lesy okolo nížinných riek (91F0) a druhov európskeho významu: kunka červenobruchá, bobor vodný, vydra riečna, boleň dravý, pĺž severný, hrúz bieloplutvý, hrebenačka vysoká, hrebenačka pásavá, čík európsky, lopatka dúhová, plotica lesklá, pĺž vrchovský, kolok veľký, šabľa krivočiara, pižmovec hnedý a plocháč červený. Malý Dunaj je nížinná rieka a rameno Dunaja s dĺžkou 128km. Tečie stálym, miernym prúdom. Od hlavného toku Dunaja sa oddeľuje pri Slovnafte v Bratislave v nadmorskej výške 126m. Meandruje nížinnou krajinou. Pri Kolárove sa vlieva do Váhu a spolu s ním pri Komárne v nadmorskej výške 106,5m do Dunaja. Rieka je atraktívna pre turistické splavovanie a rybárstvo. Malý Dunaj vytvára najrozsiahlejší riečny ostrov v Európe, Žitný ostrov, ktorý je jednou z najväčších zásobární pitnej vody. Okolie Malého Dunaja tvoria poväčšine lúky a polia, ktoré sú však od samotného toku oddelené širokým pásom lužného lesa.